Міжрегіональне і транскордонне співробітництво України з Республікою Молдова здійснюється у рамках двосторонніх угод між регіонами України та Молдови, а також у рамках «Організації за демократію та економічний розвиток - ГУАМ», єврорегіонів «Нижній Дунай», «Верхній Прут» і «Дністер».

Між територіально-адміністративними одиницями України (Чернівецькою, Вінницькою, Херсонською, Одеською, Черкаською областями, м.Київ) укладено 22 угоди та протоколи про науково-технічне, гуманітарне та торговельно-економічне співробітництво з регіонами Республіки Молдова.

Укладено також 23 угоди між регіональними відділеннями Торгово-промислової Палати України і Торгово-промислової палати Республіки Молдова.

Єврорегіон «Нижній Дунай» створений 14 серпня 1998 року. До складу Єврорегіону входять Одеська область (Україна), повіти Галац, Тулчя, Бреїла, (Румунія), райони Кагул та Кантемір (Республіка Молдова).

Його створення мало на меті досягнення гармонійного і збалансованого розвитку економіки; вирішення проблем у сфері охорони навколишнього середовища; забезпечення відповідного рівня зайнятості і соціального захисту населення; розвиток транспортної інфраструктури; формування єдиного культурного простору в Придунав’ї; попередження і ліквідацію наслідків стихійних лих і техногенних катастроф.

Єврорегіон «Верхній Прут» створений 22 вересня 2000 року. До його складу входять Чернівецька область України, Белцький і Єдинецький райони Республіки Молдова, Ботошанський і Сучавський повіти Румунії.

Єврорегіон «Дністер» створений 2 лютого 2012 року. До його складу увійшли Вінницька область України, Сорокський, Шолденештський, Дондюшанський, Флорештський, Резинський та Окницький райони Республіки Молдова. Основною метою діяльності утворення є реалізація транскордонних проектів екологічного, інвестиційного, транспортно-комунікаційного та гуманітарного характеру. З основними заходами Єврорегіону можна ознайомитись на веб-сайті http://dniester.eu/.